El Proyecto Spinoff de SETI@home recluta consolas de juego para descifrar misterio biológico.

Noticias Planetarias: SETI (2007)

El Proyecto Spinoff de SETI@home recluta consolas de juego
para descifrar misterio biológico

Traducción libre por: Prof. Milton Fernández F.
Director Proyecto PROMETEO-ELC

Si usted es el orgulloso propietario de una consola de juego Sony PlayStation 3, o está considerando comprar una, debe tener presente que su adquisición es mucho más que una costosa consola de juegos; porque además de poder jugar “Dragon Ball Z” con los más recientes y mejores gráficos, su consola de juego podrá ayudar en la lucha contra algunas de las más erosivas enfermedades conocidas en la historia de la humanidad.

Consola de juego Sony PlayStation 3

La consola de juego está siendo utilizada para incrementar el poder de cómputo del proyecto distribuido de computación denominado folding@home.
Créditos: SONY







¿Cómo se efectúa esto?

Todos los módulos PlayStation 3, versión 1.6 o superiores, se han diseñado para correr el programa folding@home (http://folding.stanford.edu/) un proyecto de informática científico para distribución gratuita, el cual se encuentra alojado en la Universidad de Stanford, Estados Unidos.

Si desea acceder a la información del proyecto en idioma español, haga clic AQUÍ.

Lanzado en el año 2000, holding@home está modelado en forma similar al extraordinariamente
exitoso proyecto SETI@home (http://www.planetary.org/programs/projects/innovative_technologies/setiathome/) lanzado en años previos gracias a la iniciativa y aporte financiero de la Sociedad Planetaria. Al igual que SETI@home, el proyecto folding@home hace uso de la web, mediante la colaboración de miles de voluntarios alrededor del mundo quienes donan tiempo de procesamiento de sus propias computadoras para el proyecto. Pero mientras que SETI@home y todos los otros proyectos distribuidos, se sienten satisfechos con el solo uso de las computadoras personales de los voluntarios participantes, folding@home está llevando las cosas un paso más allá. El procesamiento de los datos toma ahora lugar en las consolas de PlayStation 3, también; cuyos procesadores son más rápidos y aún más poderosos que los de muchas computadoras personales.

Así, folding@home está haciendo uso de esta poderosa rejilla de computadoras para modelar uno de los más desconcertantes e intrincados procesos de la biología: el plegamiento proteico. Las proteínas, compuestas por largas cadenas de aminoácidos son los bloques de construcción de la vida. En nuestros cuerpos, ambas sirven como elementos constituyentes de nuestros huesos, los músculos y el pelo; en la forma de enzimas, son esenciales para las reacciones bioquímicas. Sin embargo, para satisfacer estas funciones, las proteínas no pueden permanecer como secuencias simples o “collares” de aminoácidos; necesitan doblarse en formas específicas y complejas o no podrán realizar su trabajo. Una de las facetas más asombrosas de la química de la vida y talvez, una de las menos comprendidas, es lo que hacen las proteínas exactamente: confiablemente, eficientemente y rápidamente. Modelando este proceso a escala atómica, se ha logrado demostrar que es uno de los retos más difíciles para la biología computacional.

La principal dificultad en la simulación del plegamiento proteico es el tiempo, explicó Vijay S. Pande, de la Universidad de Stanford, líder del proyecto folding@home. “Las proteínas pequeñas han mostrado plegarse en una escala de tiempo de microsegundos (millonésimas de segundo), pero a una computadora promedio le toma todo un día el efectuar la simulación del plegamiento equivalente a un único nanosegundo (un mil millonésimo de segundo)”, dijo Pande. A ese ritmo, nos tomaría casi tres años simular un solo microsegundo de plegamiento y talvez una década o dos, de tiempo de ordenador, para analizar el plegamiento de una sola proteína. Los biólogos computacionales se dieron cuenta de que esta era apenas la manera práctica de resolver el problema.





Pantalla de una consola PlayStation 3 corriendo el programa folding@home.

La pantalla de la consola de juego muestra el verdadero plegamiento de una proteína en tiempo real, como lo ha descifrado el procesador. La imagen es tridimensional y puede ser vista desde cualquier ángulo. Los puntos de luz en el mapa del fondo, muestran donde las unidades de PlayStation 3 están en ese momento corriendo folding@home.
Créditos: Universidad de Stanford/folding@home



Dentro de este contexto fue que el notable éxito de SETI@home capturó la atención de Pande y sus colegas. En los ocho años desde su lanzamiento, SETI@home ha registrado no una década o dos, sino millones de años de tiempo de ordenador, escrutando una señal proveniente del espacio exterior emitida por alguna civilización extraterrestre. Esta clase de poder computacional iría mucho más lejos en la solución de las dificultades para la simulación del plegamiento proteico.

Para tomar ventaja de este extraordinario potencial, Pande y sus colegas lanzaron folding@home en octubre del año 2000. En la actualidad, seis y medio años después de su lanzamiento, el proyecto tiene más de 230.000 usuarios activos; de estos, más de 27.000 son usuarios de PlayStation 3, quienes han añadido el poder de procesamiento de sus máquinas a la búsqueda, sólo la semana pasada; desde entonces, folding@home ha empezado a hacer uso de estas poderosas consolas de juego. Aunque ellas representan menos de un octavo de las máquinas activas participantes en el proyecto, los poderosos procesadores de las consolas PlayStation 3 proporcionan más del 55 % del poder de cómputo total requerido por folding@home.

Mediante el estudio del misterioso proceso del plegamiento proteico, folding@home incrementará no sólo nuestra comprensión del mundo biológico sino que también ayudará a combatir devastadoras e incurables enfermedades.

La enfermedad de Parkinson, el Alzheimer, la BSE (“enfermedad de las vacas locas”) y ciertos tipos de cáncer, se cree que son causadas en parte por “proteínas mal plegadas” . El descifrar el proceso exacto por el cual las proteínas se pliegan, permitiría algún día a los científicos producir versiones sintéticas de ellas, las cuales podrían ayudar a combatir las enfermedades.

Aunque folding@home es una forma muy prolongada de producir curas para el cáncer o el Alzheimer, por ejemplo, las contribuciones del proyecto al estudio científico de las proteínas ha sido, no obstante, muy impresionante:

“A lo largo de los últimos cinco años, los datos de folding@home han sido la base para 49 publicaciones científicas.”